我们通过 Javascript 提供了多种可视化方法。如果内置的 JavaScript 视图无法满足您的 通用 Javascript 视 使用需求,您可以随时使用自定义 JavaScript 视图和通用 JavaScript 视图节点来实现您自己的可视化。在最近的一篇博客文章中, 从 A 到 Z 的寨卡病毒分析上一节中,我们 通用 Javascript 视 讨论了如何使用通用 JavaScript 视图节点创建自己的交互式视图。在今天的示例中,我们使用通用 JavaScript 视图创建了一个序列徽标,该徽标可与其他视图(例如表视图)结合使用。我们可以通过将两个节点组合在一个组件中来获得一个有用的交互式视图,如图 3 所示。您可以下载共享的序列徽标组件这里。
生物序列格式:FASTA
在生物信息学中,快闪记忆体 文件格式通常用于表示 海外数据 核苷酸或氨基酸序列。在
图 该组件包含通用 JavaScript 视图和表视图,以创建交互式复合视图。
它使用多重比对的输出来创建一个标识,以显示每个位置上核苷酸的保守程度。高度保守的核苷酸应显示为大字母;如果我们在某个位置发现许多间隙或不同的核苷酸,我们希望用小字母表示它们。为了实现这一点,我们计算序列中每个位置的最大熵。
此标识可用于可视化在多个序列中重复出现的某些基序。它简化了结果评估,因为我们可以轻松发现发生变化的位置。
输入的 FASTA 文件 您 按部分分析辍学率 的销售流 含不同的 ATA-box 基序,显示乍一看不容易看到保守区域。
我们的平台还提供读
文件以序列的单行描述开头,后面是 用 线数据库 时间 为了计算每个位置每个核苷酸的个体高度,我们将最大熵乘以相对频率。通常用于测量熵的单位是比特,它是信息的基本单位。